Конкурс проводится в два этапа:
Региональный и отраслевой — до 15 марта года, следующего за конкурсным (проводится территориальными ТПП и объединениями предпринимателей). Порядок проведения этого этапа конкурса определяется «Методическими рекомендациями по проведению конкурса на региональном и отраслевом уровнях». Срок подачи заявок на федеральный этап конкурса — до 10 апреля года, следующего за конкурсным (проводится ТПП РФ).
От региона и отрасли на конкурс выдвигается не более одного претендента по каждой номинации. Основанием для участия в федеральном этапе конкурса является заявка установленного образца и заполненная Форма финансовых показателей предприятия, а также сопроводительное письмо с экспертным заключением от имени региональной ТПП или отраслевого объединения предпринимателей.
Участвовать в конкурсе «Золотой Меркурий» могут российские малые предприятия с численностью персонала до 100 человек и предприятия-экспортеры.
Победителей конкурса определяет Национальный экспертный совет, который формируется из представителей федеральных органов законодательной и исполнительной власти, ТПП РФ, территориальных торгово-промышленных палат, объединений предпринимателей, научных, общественных, коммерческих и других организаций. Победители конкурса награждаются дипломами ТПП РФ, эксклюзивными статуэтками «Золотой Меркурий» и ценными призами. Лауреатам конкурса вручаются Дипломы ТПП РФ и памятные медали.